Латынина о Ковальчуке
Jan. 23rd, 2014 12:46 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
nbpНесколько сильновато она написала, к тому же с оттенком анахронизма (технологии развивались очень быстро, а журналистке все равно, что в каком году публиковалось):
"Статья, опубликованная об этом выдающемся событии в малоизвестном журнале Acta Naturae, могла быть сведена к фразе: «Ура, мы купили эту машинку, и она у нас работает»"
но все же нельзя сказать, что неправда. Сам как-то слышал доклады тех людей - впечатления они особого не производили, статей почему-то практически не публиковали, а денег ведь народных сожрали немало, закупки оборудования у них были впечатляющие - нам, к примеру, и мечтать о таком ни разу не приходилось. Ну, мое мнение можно списать на мою зависть. О вот то, что Ковальчук в популяризации своих достижений сел в лужицу - это уже факт.
Кстати, Ковальчук долго отмалчивался, а не так давно высказался однозначно за "реформу".
"Статья, опубликованная об этом выдающемся событии в малоизвестном журнале Acta Naturae, могла быть сведена к фразе: «Ура, мы купили эту машинку, и она у нас работает»"
но все же нельзя сказать, что неправда. Сам как-то слышал доклады тех людей - впечатления они особого не производили, статей почему-то практически не публиковали, а денег ведь народных сожрали немало, закупки оборудования у них были впечатляющие - нам, к примеру, и мечтать о таком ни разу не приходилось. Ну, мое мнение можно списать на мою зависть. О вот то, что Ковальчук в популяризации своих достижений сел в лужицу - это уже факт.
Кстати, Ковальчук долго отмалчивался, а не так давно высказался однозначно за "реформу".
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2014-01-23 09:21 am (UTC)no subject
Date: 2014-01-23 04:16 pm (UTC)no subject
Date: 2014-01-23 05:53 pm (UTC)no subject
Date: 2014-01-23 09:44 am (UTC)Ну и главное, "эпохальная" статья была в 2009, а сейчас у нас 2014 - две большие разницы. Тогда были иллюмины GAII - примерно 1/100 от производительности HiseqX. Так что наезд во многом неоправданный.
но иллюмину хорошо пропиарила, зачОт :)
no subject
Date: 2014-01-23 04:13 pm (UTC)no subject
Date: 2014-01-23 06:18 pm (UTC)no subject
Date: 2014-01-23 07:33 pm (UTC)Дальше можно не читать - это просто неправда. Учите матчасть: http://en.wikipedia.org/wiki/Whole_genome_sequencing
Ну и? Читаем:
Date: 2014-01-23 07:45 pm (UTC)In early February 2009, Complete Genomics released a full sequence of a human genome that was sequenced using their service. The data indicates that Complete Genomics' full genome sequencing service accuracy is just under 99.999%, meaning that just one in every one hundred thousand variants was called incorrectly. This means that their full sequence of the human genome will contain approximately 80,000–100,000 false positive errors in each genome. However, this accuracy rate was based on Complete Genomics' sequence that was completed utilizing a 90× depth of coverage (each base in the genome was sequenced 90 times) while their commercialized sequence is reported to be only 40×. This accuracy rate may be acceptable for research purposes, and clinical use would require confirmation by other methods of any reportable alleles.[53][54] Complete Genomics announced in Dec. 2010 that for the last 500 complete human genomes that it had sequenced, an average of over 98 percent of the genome was read at 10-fold or greater coverage. In addition, its software made high confidence calls of an average of over 95 percent of the genome and over 94 percent of the exome.
In March 2009, it was announced that Complete Genomics has signed a deal with the Broad Institute to sequence cancer patients' genomes and will be sequencing five full genomes to start.[55] In April 2009, Complete Genomics announced that it plans to sequence 1,000 full genomes between June 2009 and the end of the year and that they plan to be able to sequence one million full genomes per year by 2013.[56] Complete Genomics sequenced 50 genomes in 2009. Since then, it has significantly increased the throughout in its genome sequencing center and was able to sequence and analyze 300 complete human genomes in Q3 2010. Complete Genomics plans to officially launch in June 2009, although it is unknown if their lab will have received CLIA-certification by that time. Complete Genomics announced its R&D human genome sequencing service in October 2008 and its commercial sequencing service in May 2010. The company does not produce clinical data and as such its genome center does not require CLIA certification.
Продолжаем:
Date: 2014-01-23 07:46 pm (UTC)In June 2009, Illumina announced that they were launching their own Personal Full Genome Sequencing Service at a depth of 30× for $48,000 per genome.[58] This is still expensive for widespread consumer use, but the price may decrease substantially over the next few years as they realize economies of scale and given the competition with other companies such as Complete Genomics.[59][60] Jay Flatley, Illumina's President and CEO, stated that "during the next five years, perhaps markedly sooner," the price point for full genome sequencing will fall from $48,000 to under $1,000.[61] Illumina has already signed agreements to supply full genome sequencing services to multiple direct-to-consumer personal genomics companies.
In August 2009, the founder of Helicos Biosciences, Dr. Stephen Quake, stated that using the company's Heliscope Single Molecule Sequencer he sequenced his own full genome for less than $50,000. He stated that he expects the cost to decrease to the $1,000 range within the next two to three years.[62]
In August 2009, Pacific Biosciences secured an additional $68 million in new financing, bringing their total capitalization to $188 million.[63] Pacific Biosciences said they are going to use this additional investment in order to prepare for the upcoming launch of their full genome sequencing service in 2010.[64] Complete Genomics followed by securing another $45 million in a fourth round venture funding during the same month.[65] Complete Genomics has also made the claim that it will sequence 10,000 full genomes by the end of 2010.[66] Since then, it has significantly increased the throughput in its genome sequencing center and was able to sequence and analyze 300 complete human genomes in Q3 2010.
GE Global Research is also part of this race to commercialize full genome sequencing as they have been working on creating a service that will deliver a full genome for $1,000 or less.[67][68]
In September 2009, the President of Halcyon Molecular announced that they will be able to provide full genome sequencing in under 10 minutes for less than $100 per genome.[69] This is, to date, the most ambitious promise of any full genome sequencing company.
In October 2009, IBM announced that they were also in the heated race to provide full genome sequencing for under $1,000, with their ultimate goal being able to provide their service for US$100 per genome.[70] IBM's full genome sequencing technology, which uses nanopores, is known as the "DNA Transistor".[71]
In November 2009, Complete Genomics published a peer-reviewed paper in Science demonstrating its ability to sequence a complete human genome for $1,700.[72] If true, this would mean the cost of full genome sequencing has come down exponentially within just a single year from around $100,000 to $50,000 and now to $1,700. This consumables cost was clearly detailed in the Science paper.[73] However, Complete Genomics has previously released statements that it was unable to follow through on. For example, the company stated it would officially launch and release its service during the "summer of 2009", provide a "$5,000" full genome sequencing service by the "summer of 2009", and "sequence 1,000 genomes between June 2009 and the end of 2009" – all of which, as of November 2009, have not yet occurred.[54][56][56][74] Complete Genomics launched its R&D human genome sequencing service in October 2008 and its commercial service in May 2010. The company sequenced 50 genomes in 2009. Since then, it has significantly increased the throughput of its genome sequencing factory and was able to sequence and analyze 300 genomes in Q3 2010.
Also in November 2009, Complete Genomics announced that it was beginning a large-scale human genome sequencing study of Huntington’s disease (up to 100 genomes) with the Institute for Systems Biology.
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 07:52 pm (UTC)"announced that it was beginning" и "also made the claim that it will sequence" - не катит :)
Алсо, изучите вот это: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2752128/
и найдите 10 отличий от "генома русского человека". Я-то эти отличия знаю. Но сильно сомневаюсь, что знает Латынина.
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 08:21 pm (UTC)А Стивен Квейк в августе 2009 свой геном отсиквенсил за менее чем 50 000$ и уж вряд ли кто-то тратил 20 000 000$ кроме Ковальчука.
Корейцы конечно тоже щёки понадували, но по крайней мере в их работе тот смысл, что они сравнили свой геном с родственным китайским и сделали неплохой анализ генетической близости, генетического разнообразия по отдельным маркерам и собственно отличий двух азиатских полногеномных сиквенсов. Эти результаты важны для последующего использования референсных последовательностей.
А вот в чём достижение Курчатника?
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 08:38 pm (UTC)ОК, некоторые из 10 различий вы просекли. Впрочем, авторами из Курчатника это тоже было сделано, правда в 2010 году и опубликовано всё в том же малоизвестном журнале: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22649659
Ну да, труба пониже и дым пожиже - но не ужас-ужас-ужас.
Про компанию Комплит Геномикс вот лучше не надо - если почитаете внимательнее, поймете, что это странная штука. Закрытая технология, которая годится исключительно для секвенирования генома человека (в отличие от той же иллюмины, которую хвалит Латынина), закрытые данные. Смотрим снова в статью в Вики: "As of June 2012, there are 69 nearly complete human genomes publicly available." Steve Jobs also had his genome sequenced for $100,000" (в 2011 г).
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 09:03 pm (UTC)Ну да хрен с ним, с пиаром, с деньгами, а дальше-то что? С 2009 года прошло уже 4 года, на дворе 2014, оборудование в Курчатнике есть, бюджетных денег больше чем во всём РФФИ вместе взятом, результаты какие? Что открыли?
Да собственно и ничего, сидят едят деньги налогоплательщиков, туалеты мрамором обкладывают.
А Латынина совсем о другом, о том, что в США секвенаторы изобретают и изготовляют, а в России на уже готовых секвенаторах по готовым прописям готовыми реактивами делают пшик - вот о чём её месседж.
Можно конечно утешаться тем, что из почти двух сотен государств нашей планеты мало кто может похвастаться изготовлением секвенаторов и даже возможностью покупки готовых. Но слабое утешение что купить мы пока ещё всё ещё можем, а вот работать толково уже вряд ли.
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 09:23 pm (UTC)Кстати, примерно столько же было потрачено на новосибирский виварий: http://www.sbras.nsc.ru/news/detail.php?ID=3930
а достижения там ещё более скромные - пусть Латынина до них докопается.
в США секвенаторы изобретают и изготовляют
Ну положим, Солекса - не американская компания :)
А Латынина совсем о другом, о том, что в США секвенаторы изобретают и изготовляют, а в России на уже готовых секвенаторах по готовым прописям готовыми реактивами делают пшик - вот о чём её месседж.
Во-первых, как мы уже выяснили, не пшик, а результат среднекорейского уровня.
Во-вторых, деньги Курчатнику давали не на разработку секвенаторов. Вот люди, которые разрабатывают: http://www.fcpk.ru/catalog.aspx?CatalogId=5690 - будем следить за их успехами.
Латынина (и те, кто её поддерживают, видимо, тоже) слышали звон, да не знают, где он. Ковальчука и Ко критиковать нужно, но не за то.
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 10:22 pm (UTC)2. Солекса вроде бы карбюраторы делает для бензиновых автомобильных двигателей, а не секвенаторы, не? Вроде испокон веков секвенаторы для геномного секвенирования делала иллюмина, разве нет?
3. Результат среднекорейского уровня, ну ладно, соглашусь. Но пиар-то каков, прямо "межпланетный шахматный турнир" :)))
4 На что дали денег Курчатнику тайна великая есть зело.
5. Остаётся собственно главный вопрос: с 2009 года прошло 4 года, за это время весь Курчатник потребил больше денег налогоплательщиков, чем за год вся Академия наук вместе взятая. Ну и где результаты?
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 10:52 pm (UTC)В данном случае она транслирует полуправду - что хуже, чем просто неправда.
2. Вроде испокон веков секвенаторы для геномного секвенирования делала иллюмина, разве нет?
Нет, конечно: http://www.illumina.com/technology/solexa_technology.ilmn (впрочем,я ошиблась - Солекса таки американская компания, но технология была изобретена в Англии).
3. Насчёт пиара согласна. Впрочем, не обманешь - не продашь, см. http://www.nsu.ru/exp/2013/11/14/issledovaniya_vypusknika_mmf_ngu_pomogut_v_bor_be_s_rakom
4. Ну в общем, да. Но в том, что известно из открытых источников, разработка технологий секвенирования не значится.
5. за это время весь Курчатник потребил больше денег налогоплательщиков, чем за год вся Академия наук вместе взятая.
Курчатник около 7 млрд в год потребляет, а РАН ~ 60, так что скорее за два года.
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 11:12 pm (UTC)2. Идея английская, деньги американские, изготовление секвенаторов в железе - старая добрая иллюмина таки :)))
А Курчатник тут причём? А не при делах Курчатник, и другие российские конторы не при делах, ни к идеям, ни к деньгам, ни к производству секвенаторов ни малейшего отношения, что собственно и составляет суть сравнения достижений США и России.
3. Спасибо, интересно.
5. А результаты-то! Результаты где???
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-23 11:49 pm (UTC)http://213.170.69.26/labs/biotech_hist.php
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-24 12:15 am (UTC)Но это нельзя так впрямую сравнивать - Нанофор - аналог сэнгерника, а то, что в моей ссылке - NGS, причем мономолекулярный.
Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-24 12:28 am (UTC)Re: Продолжаем:
Date: 2014-01-24 12:21 am (UTC)я когда впервые увидела, сама чуть в кому не впала... тем более, что дело было в чужой лаборатории, куда меня из милости пустили поставить реал-тайм.
no subject
Date: 2014-01-23 10:40 am (UTC)И с зарисовкой "мы купили эту машинку и она у нас работает" я оченно согласен! может, в конкретном случае зарисовка и некорректно приложена, но ощущения именно такого рода постановки научной работы - не редкость.
Полагаю, это так, поскольку нет цельности фронта научных работ и хайтека. Наноцентров насоздавали, а исследовать там нечего - образцы хоть из-за границы завози. А смысл тогда какой? Конечно, наши умельцы могут графен скотчем отслаивать и исследовать. Так ведь такие умельцы быстро заграницей оказываются.
Может, в биологии лучше дела?
С теоретиками у нас, конечно, неплохо: поскольку трясти нечего - вся энергия на осмысление уходит. :)
no subject
Date: 2014-01-23 04:14 pm (UTC)